Check for definedness of $opts{o} before using it

Changed -o foo.bar so that it only implies -i bar if -i has not also been
specified.

Orthogonalized -s, changed -o to accept directories and files

Separated -s <ext> logic into a stdio/cmdline switch (-s) and a reverse/forward
semantics switch (-i <ext>).  Also, -o may now specify a directory or a file.
If it specifies a file, all input files use that as the output filename.

Periods (.) in extension patterns are now allowed (for things like .tar.gz)

Initial commit (from svn r3)